Chùa được khai sơ vào khoảng năm 1731, được Tổ Khai sơn tịch. 

Năm 1834 đời Minh Mạng, trụ trì đời thứ tư là Từ Minh, dời chùa đến địa điểm hiện nay. Cùng lúc tái thiết lại quy mô. 

Đến đầu thế kỷ thứ 20 thì trụ trì của chùa là Thích Hoá Thông, tham gia phong trào Thiên Địa Hội nên bị bắt tù và hi sinh. Chùa Phước Tường lúc này không có trụ trì nên suy sụp. 

5, 6 Năm sau, bổn đạo mới thỉnh Hòa thượng Thích Pháp Ấn về trụ trì, trùng tu chùa năm 1930.

Năm 1950, đệ tử Hồng Diệp trùng tu lại chùa. Cho đến năm 1990 xây thêm một số công trình phụ. Hiện nay trụ trì của chùa là Trụ trì Thích Nhựt An, đệ tử của Hòa thượng Thích Bửu Ngọc.